واجه المنتخب المغربي نظيره منتخب جنوب إفريقيا 5 مرات في نهائيات كأس أمم إفريقيا، وكانت في نسخ 1998 – 2002 – 2004 – 2013 – 2019.. وفاز المنتخب المغرب في مباراة واحدة فقط، بينما خسر مواجهتين وتعادل في مبارتين..

وقد جاءت النتائج على الشكل التالي:

 ** 1998 ببوركينافاسو (دور ثمن النهائي) المغرب – جنوب إفريقيا: 1 – 2

** 2002 بمالي (الجولة 3 من منافسات الدور الأول) المغرب – جنوب إفريقيا 1 – 3

** 2004 بتونس (الجولة 3 من منافسات الدور الأول) المغرب – جنوب إفريقيا 1 – 1

** 2013 بجنوب إفريقيا (الجولة 3 من منافسات الدور الأول) المغرب – جنوب إفريقيا: 2 – 2

** 2019 بمصر (الجولة 3 من منافسات الدور الأول) المغرب – جنوب إفريقيا: 1 – 0