بعد إلغاء النسخ الموالية لسنة 2000 إثر عجز الفيفا عن التمويل عادت البطولة لتلبس حلة أبهى وأحلى سنة 2005 بالأراضي اليابانية، وجاءت المسابقة رسمية بصفة نهائية بعدما تم سحب كأس الأنطركو نتينطال من الخريطة الكروية لينحصر سباق بطل العالم بين أبطال القارات الخمس.
إفلاس ثم حياة جديدة باليابان
ضربت الفيفا موعدا للنسخة الثانية من البطولة على الأراضي الإسبانية سنة 2001 لكنها سرعان ما ألغته بسبب إفلاس شركة تسويقها وعجزها عن إقامة المسابقة لتكتفي بالإعتذار مقدمة تعويضات للفرق التي كان من المقرر أن تشارك وعددها 12، كما قدمت مليون دولار للجامعة الإسبانية لجبر الضرر الذي لحق بالبلد جراء إلغاء العرس العالمي.
عاد الإتحاد الدولي بعد سنتين وكرر المحاولة بتنظيم بطولة ثانية للأندية بيد أن الفشل كان مصيرها مرة أخرى، ليتأكد بأنه عاجز لوحده عن إقامة هذه التظاهرة طالبا يد العون والمساعدة من شركة "تويوتا" اليابانية التي أنقذت البطولة الفتية من المقصلة ووافقت رفقة إتحادات أوروبا وأمريكا اللاتينية على إقامة بطولةٍ بحلة جديدة عام 2005 باليابان مع التوقيع على شهادة وفاة كأس الأنتيركونتينتال التي رأت النور الأخير سنة 2004.
نظام حديث وساو باولو يقهر ليفربول
فتحت طوكيو وجارتها يوكوهاما الأدرع وشرعت الأبواب لإحتضان أول كأس العالم للأندية بنظام جديد وبعد توقف إضطراري دام أربع سنوات، وعمل المنظمون على وضع الأسس والقواعد الحديثة للتظاهرة وكذلك بتقليص عدد المشاركين وكذا المدة الزمنية للبطولة والتي كانت قبلة لأبطال القارات الست وهم الأهلي المصري (إفريقيا) الإتحاد السعودي (آسيا)، ساو باولو البرازيلي (أمريكا اللاتينية) ليفربول الإنجليزي (أوروبا)، سابريسا الكوستاريكي (الكونكاكاف) سيدني الأسترالي (أوقيانوسيا). 
لُعب السباق بنظام خروج المغلوب عكس دورة 2000 والتي أجريت كمجموعتين، وتم إعفاء بطلي أمريكا الجنوبية وأوروبا من خوض الدور التمهيدي ووضعهم مباشرة في نصف النهاية، فيما حاور زعماء القارات الأربع بعضهم البعض لتسفر المعارك الكروية عن عبور الإتحاد السعودي إلى المربع الذهبي بعد إقصائه للأهلي المصري 1-0 كما بلغ الدور ذاته سابريسا الكوستاريكي على حساب سيدني الأسترالي 1-0.
وجاءت مبارتا نصف النهاية لتشهدا عروضا من الإثارة والإمتاع حيث عانى بطل أمريكيا اللاتينية الأمرين قبل أن يتجاوز خصمه الإتحاد السعودي بصعوبة 3-2 ضاربا موعدا مع ليفربول والذي سحق سابريسا بثلاثية بيضاء، وأقيمت المقابلة النهائية بيوكوهاما أمام أنظار 67 ألف متفرج وتسيدها الإنجليز في مجمل الفترات بيد أن ذكاء البرازليين جعلهم يخطفون هدفا ثمينا عبر مينيرو مانحا ساو باولو اللقب كثاني بطل للبطولة بعد غريمه كورينتيايز ملك دورة 2000.
أنترناسيونال يفاجئ برشلونة ويزكي التفوق
بعدما تكسرت التكهنات فوق طاولة الواقع في النسخة السابقة وذلك بتتويج مباغث لساو باولو على حساب ليفربول العريق والخطير جاءت دورة 2006 لتفتح المجال أمام ثأر أوروبي خصوصا أن ممثل القارة العجوز هو الكبير برشلونة، وتوقع جل المتتبعين والنقاذ أن سيطرة أندية البرازيل ومعسكر أمريكا الجنوبية سينتهي بقدوم رفاق رونالدينيو المرشحين بقوة للصعود إلى منصة التتويج.
وإلى جانب برشلونة ثاني ضيف إسباني على البطولة بعد ريال مدريد حضر كل من أنترناسيونال البرازيلي بطل أمريكا اللاتينية والأهلي المصري زعيم إفريقيا وصاحب المشاركة الثانية على التوالي، إضافة إلى أمريكا المكسيكي (الكونكاكاف) وأوكلاند سيتي (أوقيانوسيا) وسفير أسيا الجديد تشونبوك الكوري الجنوبي والذي كسر التمثيلية السعودية السابقة.
هزم أنترناسيونال الأهلي المصري في نصف النهاية 2-1 ليوقف طموح الفراعنة والذي إزداد بعد عبور أوكلاند سيتي في البداية، كما أحتُرم المنطق بتأهل فيلق برشلونة المدجج بالنجوم إثر دسه لأنفة أمريكا المكسيكي برباعية مذلة، ومنه ضرب ممثلا أوروبا وأمريكا اللاتينية نهائيا جديدا بين الكبار المرشحين للتتويج.
زملاء أبوتريكة دخلوا التاريخ بعدما حسموا لقاء الترتيب لصالحهم ضد خصمهم المكسيكي وصاروا ثالث أقوى فريق في العالم، بينما كانت المفاجأة المدوية والصاعقة إنهزام الكطلان في النهاية ضد أنترناسيونال بهدف دون مقابل من توقيع المهاجم أدريانو، ليسقط الإسبان أرضا محبطين ويحرز البرازيليون لقبهم الثالث على التوالي مؤكدين أن لا أوروبا ولا إفريقيا ولا غيرها يمكن أن توقف مد أولاد السامبا الساحر.
البطائق التقنية
-كأس العالم للأندية (الدورة الثانية 2005 باليابان)
المستضيف: طوكيو، طويوطا، يوكوهاما
التاريخ: ما بين 11 و18 دجنبر 2005
الفرق المشاركة: الأهلي المصري، الإتحاد السعودي، ساو باولو البرازيلي، ليفربول الإنجليزي، سابريسا الكوستاريكي، سيدني الأسترالي.
البطل: ساو باولو البرازيلي
هداف الدورة: أموروزو (ساو باولو) محمد نور (الإتحاد) بيتر كوارش (ليفربول): هدفان
عدد أهداف الدورة: 19
معدل الأهداف في كل مباراة: 2,71 
أحسن لاعب: روجيريو سيني (ساو باولو)
إجمالي الجماهير في الدورة: 261 ألف متفرج
جائزة اللعب النظيف: ليفربول
المباريات:
ربع النهاية:
الإتحاد السعودي- الأهلي المصري: 1-0  
سيدني الأسترالي- سابريسا الكوستاريكي: 0-1
نصف النهاية: 
الإتحاد السعودي- ساو باولو البرازيلي: 2-3  
سابريسا الكوستاريكي- ليفربول الإنجليزي: 0-3  
الترتيب:
الإتحاد السعودي- سابريسا الكوستاريكي: 2-3 
النهاية:
ساو باولو البرازيلي- ليفربول الإنجليزي: 1-0   
-كأس العالم للأندية (الدورة الثالثة 2006 باليابان)
المستضيف: طوكيو، طويوطا، يوكوهاما
التاريخ: ما بين 10 و17 دجنبر 2006
الفرق المشاركة: الأهلي المصري، تشونبوك الكوري الجنوبي، إنترناسيونال البرازيلي، برشلونة الإسباني، أمريكا المكسيكي، أوكلاند سيتي النيوزيلاندي
البطل: إنترناسيونال البرازيلي
هداف الدورة: محمد أبوتريكة (3 أهداف)
عدد أهداف الدورة: 17
معدل الأهداف في كل مباراة: 2,43 
أحسن لاعب: ديكو (برشلونة)
إجمالي الجماهير في الدورة: 302 ألف متفرج
جائزة اللعب النظيف: برشلونة الإسباني
المباريات:
ربع النهاية:
أوكلاند سيتي النيوزيلاندي- الأهلي المصري: 0-2  
أمريكا المكسيكي- تشونبوك الكوري الجنوبي: 1-0
نصف النهاية: 
الأهلي المصري- أنترناسيونال البرازيلي: 1-2  
أمريكا المكسيكي- برشلونة الإسباني: 0-4  
الترتيب:
الأهلي المصري- أمريكا المكسيكي: 2-1 
النهاية:
أنترناسيونال البرازيلي- برشلونة الإسباني: 1-0